紫薯的儲藏方法大致有兩種，即高溫儲藏法和低溫儲藏法。

一、高溫儲藏法就是在紫薯入窖后，燒火升溫到35-38℃，并保持2-3天，將紫薯的黑斑病、軟腐病等病菌殺滅。然后再將溫度降至10-14℃低溫進行儲藏。該法效果很好，但成本較高，操作起來較為麻煩，因此對分戶儲藏的農戶來說，藥劑處理的低溫儲藏法較為合適。
　　二、采用低溫儲藏法，首先在紫薯入窖前一周對薯窖進行消毒。可用70%的托布津1000倍液，或50%的多菌靈800倍液，對窖內進行噴霧消毒。在紫薯收獲后，要及時處理，及時入窖。可用70%的托布津1000倍液，或用50%的多菌靈800倍液，按1：1比例將紫薯浸濕，再撈出滴干入窖。第三，在紫薯入窖后，采用各種方法，始窖內溫度保持在15℃以下，10℃以上。窖內溫度低于15℃，可以抑制病菌的活動，高于10℃，可以避免凍害，達到安全儲藏的目的。