現代醫學認為，月經頭痛的原因有生理性也有病理性。而中醫認為頭痛和女性經期氣血虧虛有關。

現代科學認為，經期頭痛和月經期間血清當中雌醇濃度下降有關。由于女性的生理因素影響，在行經期間以及行經前后，女性血清當中的雌二醇濃度會有所下降，這種變化會導致血管張力發生改變，從而令一些對此敏感的女性發生頭痛，月經后，血清中雌二醇濃度回復至正常，病人的頭痛亦可緩解。還有一種可能性存在，雌激素（包括雌二醇）可通過刺激泌乳素分泌，進而直接或間接地刺激前列腺素分泌，而前列腺素作用于血管，引起血管的收縮和擴張，這種變化由于雌激素的影響也呈現周期的變化，從而激發頭痛發作。

而中醫認為，經期頭痛和氣血虧虛、肝火偏旺相關，而氣血虧虛就是引起經期頭痛的最主要原因。女性行經期間，經血大量流失導致氣血虧損。氣血虧損導致血氣運行不暢，血淤則不通，不通則痛，如果不能及時治療，就會轉化為周期性或是其它類型較為嚴重的頭痛。

現實生活當中的一些不如意，也成為了誘發經期頭痛的引火線。現實生活工作壓力大，女性朋友們在家庭生活和工作時難免遭遇一些不順心的事或一些棘手的問題，加上現代都市緊張的生活和工作壓力，使大腦神經處于緊張狀態。精神疲乏、缺少運動、睡眠不足，甚至還有些女性，因為減肥長時間不吃東西。這些不好的生活習慣，都可能會導致內分泌紊亂，進而引發經前綜合征。