孕婦一旦發生腹瀉，主要治療措施是適當補液，補足因腹瀉丟失的水分和電解質，尤其是鉀離子，補充因腹瀉而失去的熱量，同時要密切觀察胎兒情況是否良好，有無早產或流產的征兆。和常人不同，孕婦使用抗生素當特別小心，常用的多種抗生素與抗原蟲藥物，除有不良反應外，不少還有潛在的致畸可能，故在妊娠期，特別是懷孕前3個月禁用。

其他抗生素，如磺胺類、四環素類、喹諾酮類等對母親及胎兒均有不良影響，亦應禁用。某些較緩和的抗腹瀉劑，如高嶺土、果膠可用，這些藥物可吸收水分減少腸蠕動；活性炭片也不妨一試。思密達是一種八面礞托石，具有較大的吸附面，不被機體吸收，它不但具有上述特性，還可吸附一些致病菌，因而安全有效。一般說來，紅霉素、氨芐青霉素對母嬰都是安全的。

注意不要用鴉片類藥物止瀉，因這類藥物可能造成細菌過度生長與重復感染，反而會加重腹瀉。也可給病人服用一些微生態制劑，如麗珠腸樂、整腸生等，以調整腸道菌群，扶正祛邪。對有腹瀉又即將臨產的孕婦，應按腸道傳染病行床邊隔離，以保證嬰兒及其他產婦的安全。