輸卵管妊娠的病因至今還是不能明確的，但主要可能原因可能是因為輸卵管異常。

患者如果曾經患有慢性輸卵管炎、闌尾炎、盆腔結核、腹膜炎及子宮內膜異位癥都有可能會導致輸卵管粘連、狹窄、部分阻塞，導致輸卵管妊娠情況的出現。另外，輸卵管發育不良的話也會影響到受精卵的正常運行，輸卵管憩室或副傘等先天畸形亦可導致輸卵管妊娠。

如果不是因為輸卵管異常問題，那就 有可能是受精卵游走。卵子在一側輸卵管受精之后成為受精卵，會經過宮腔進入對側輸卵管后種植，游走于腹腔內，游走時間較長，受精卵發育增大，就可能導致輸卵管妊娠。避孕失敗也是輸卵管妊娠的一個原因。現在很多女性都會用節育環避孕，也就是俗稱的“上環”，但是上環避孕失敗的話發生輸卵管妊娠的幾率是會增大的。而一些避孕藥孕激素比較低劑量的話，也會使輸卵管蠕動異常，發生輸卵管妊娠。用含有大量雌激素的緊急避孕藥避孕失敗而受孕者，發生輸卵管妊娠的幾率也增大。