對于腸道菌群失調的治療是很多人比較關心的。關于疾病的治療，不同的發病種類在治療的方式也是不一樣的。不過總是會有以下的幾種方式：

1、全身支持治療

對于接受大手術的患者，術前應注意營養補充劑，還應肌注丙種球蛋白以改善機體的免疫功能。您也可以嘗試注射轉移因子、免疫RNA、胸腺素等。也可以使用白細胞介素-2。

2、病因治療

如由于赫爾希氏病、腸球菌由于過度擴散引起膽囊炎;由腸球菌減少或消失引起的維生素缺乏癥;過度酵母引起的腸道過度運動等，必須首先清除病因，然后支持正常的菌群。

3、調整細菌療法

（1）發酵性腹瀉的飲食調整應限制碳水化合物;變質性腹瀉應該限制蛋白質的攝入量。增強腸粘膜的局部防御屏障功能，防止細菌移位，增加纖維食物。

（2）抗菌藥物立即停止使用原有的抗生素。根據菌群分析和抗菌藥物敏感性試驗，應選擇合適的抗生素，并應使用抑制過度增殖的細菌間接支持無意中繁殖腸道的細菌。此外，廣譜抗生素可用于破壞腸道中的大部分細菌，然后接種到正常腸道菌群的細菌中以恢復它們。

（3）益生菌目前使用的益生菌包括嗜酸乳桿菌、保加利亞乳桿菌、乳酸乳球菌、乳酸桿菌、雙歧桿菌、糞鏈球菌、大腸桿菌、芽孢桿菌和枯草芽孢桿菌。使用正常人糞便懸浮液作為用于治療由艱難梭菌引起的假膜性結腸炎的復合活細菌制劑已經獲得了良好的結果。