慢性乙肝病毒感染的過程就是與病毒斗爭的過程，也是抗乙肝病毒免疫的發展過程，各人免疫發展的程度和速度不同，疾病的結局也有很大差異。

慢性乙肝病毒攜帶者約25%出現肝功能異常，發作為慢性乙型肝炎；約75%是穩定的慢性攜帶者。在“大三陽”的慢性攜帶者之中，大約每年有10%會自然轉為“小三陽”；在“小三陽”的慢性攜帶者之中，大約每年有5%會自然清除“小三陽”；在全體慢性攜帶者之中，大約每年有2%～3%會自然清除病毒而最終恢復。

慢性攜帶狀態的清除與年齡和性別相關：女性能較早清除攜帶；越年小的攜帶越穩定，年齡漸老的清除的漸多。小兒和少年因乙肝疫苗普種，感染已大幅度降低；當前成年人中約有10%是慢性乙肝攜帶者，而60歲以上的人不到5%。經過漫長歲月的乙肝病毒攜帶，逐漸發展了特異的抗病毒免疫，最終幾乎都能清除病毒，所以慢性乙肝攜帶者不是終身感染。