板藍根主治：溫毒發斑；高熱頭痛；大頭瘟疫；舌絳紫暗，爛喉丹痧；丹毒；痄腮；喉痹；瘡腫、癰腫；水痘；麻疹；肝炎；流行性感冒，流腦，乙腦，肺炎，神昏吐衄，咽腫，火眼，瘡疹；可防治流行性乙型腦炎、急慢性肝炎、流行性腮腺炎、骨髓炎。

板藍根在功效作用方面：板藍根味苦、性寒，具有清熱解毒、涼血、消斑、利咽等功效，主要用于溫熱病發熱、頭痛、喉痛、斑疹、流行性腮腺炎、癰腫瘡毒等病癥的治療。板藍根具有體外廣譜抗菌作用（包括痢疾細菌、沙門氏細菌、溶血性鏈形菌），是抗菌消炎、止痛、退熱的傳統中草藥。

而且，板藍根內還含有多種抗病毒物質，對感冒病毒、腮腺炎病毒、肝炎病毒及流腦病毒等有較強的抑制和殺滅作用。板藍根與貫眾、金銀花、野菊花等合用，用于治療某些傳染病及熱性病。 

在藥上初步研究發覺板藍根對白血病也有一定的影響作用：板藍根中含有的靛玉紅有破壞白血病細胞的作用。實驗中發現靛玉紅能增強動物的單核巨噬系統的吞噬能力。單核巨噬系統在機體免疫反應中起一定的作用，故靛玉紅的抗癌作用可能與提高機體免疫能力有關。