南瓜子里富含南瓜子氨酸、蛋白質、維生素A、B1、B2、C等，亦含胡蘿卜素、鐵、鋅、鎂、錳和健康的脂肪油等，南瓜子被譽為高營養的理想零食。

一般人群來講均可食用南瓜子。特別體內有吸血蟲或者有前列腺疾病的人更加適宜食用南瓜子。南瓜子有很好的殺滅人體內寄生蟲（如蟯蟲、鉤蟲等）的功效，對血吸蟲幼蟲也具有很好的殺滅作用，是治療血吸蟲病的食療佳品。南瓜子可有效地防治前列腺疾病，可以緩解靜止性心絞痛，并有降壓的作用。

雖說南瓜子里含有非常豐富的營養物質：鐵、鋅、鎂、錳和健康的脂肪。但是它同樣也有一定的副作用，比如南瓜子里面有豐富的脂肪，所以吃多了，容易使人發胖；而且南瓜子有小毒，會影響肝臟功能。南瓜子吃多了之后，會有惡心的感覺，那是因為南瓜子太油膩了，你的肝吃不消。所以患有慢性肝炎、脂肪肝的患者來說，不宜食用南瓜子。

食用南瓜子時要注意一下事項：

1、南瓜子不要生食，生食不但口味不好，而且食用后的保健作用不大。

2、已經氧化腐敗的南瓜子不要食用，食后容易引起惡心、嘔吐、腹痛。

3、南瓜子不要與羊肉同食，否則可能會引起腹脹、胸悶等癥。

4、胃熱病人宜少食，否則會感到脘腹脹悶。食用南瓜子應適量，一次不要吃得太多，曾有因食用南瓜子過量而導致頭昏的報道。