麻椒魚雖然十分好吃，但是在制作和使用時是有一些需要注意的。在食用魚類時，一定要挑選含汞量少、受污染比較輕的魚，一般來說體型越小的魚汞含量能更少一些；另外需要注意的是在制作魚肉時一定要做熟，沒有熟的魚中可能會含有寄生蟲，不要把生的魚和熟的放在一起，避免交叉感染寄生蟲。