流傳說轉基因大豆油存在著危害也并不是空穴來風，因為有報告曾經說老鼠喂食了轉基因玉米之后，出現了影響生命安全的變化 ，血液和腎臟都發生了異常。人體和老鼠的體質不同，雖然沒有確切的定論，但是人們對轉基因大豆油的危害有了以下的估測：

1、毒性。轉基因大豆油中可能在人體內潛伏著毒性，對人體長期的影響是無法估測的。

2、過敏反應。某些人可以對轉基因大豆油產生過敏反應。

3、破壞營養。轉基因大豆油中可能存在一種人們不了解的方式破壞食物原有的營養。

4、基因污染。轉基因技術使不同物種的基因相互融合，人們無法控制它的后果，可能造成基因污染，引起生物安全問題。

5、抗藥性。人們吃了轉基因大豆油后，里面的成分可能會使人產生抗藥性。